进入到法庭审判阶段，是专业门槛很高的法律逻辑。在《远东国际军事法庭宪章》里有三项罪行属于法庭管辖范围：甲类是破坏和平罪，乙类是普通战争罪，丙类是违反人道罪。我们所说的甲级战犯，其实不在正式的国际文件里。远东国际军事法庭和法庭宪章中用的是“公平及迅速审讯并惩罚在远东的主要战争罪犯”字样。
甲级战犯是习语，他们有两个特征，一个是位高权重，一个是犯有甲类罪行“破坏和平罪”。远东法庭法官梅汝璈的解释是：“这种策划、准备、发动或实施侵略战争的罪行是最大的国际罪行，包括全部祸害的总和。这种祸害没有地理区域限制，它是对多数国家和人民的犯罪，所以它由国际法庭共同审判，而不宜由一国法庭单独审判。”而违反乙类、丙类的犯罪，按照国际惯例，一般是犯罪地国的国内法庭或者军事法庭审判。
破坏和平罪是纽伦堡和东京法庭对国际法律制度的一项贡献，它是为了阻止未来的侵略者、预防类似轴心国侵略造成的毁灭性战争而设立的。在东京审判的《起诉书》里，55项罪状中的36项都集中在破坏和平罪上。这也是辩方律师关注的要点，反对的理由是破坏和平罪是事后法，在现有国际法律体系内，战争不能被认为是一种罪行。远东法庭拒绝了这个论点，因为先前开庭审判的纽伦堡法庭已经解决了所有法律争议，而破坏和平罪是一个纽伦堡已经确立的、能起作用的法律概念。
东京审判维持了起诉书中36条罪状中的8项，认定的犯罪事实是：首先在1928到1945年，日本战时政府各界领导人参与了一个实施侵略战争的共同计划，目的是取得日本对东亚、西太平洋和西南太平洋以及印度洋的军事、政治和经济控制地位。其次，为推行这个共同计划，他们也犯有破坏和平罪的实质罪行，实行侵略战争。侵略的国家有英联邦、法国、蒙古、荷兰、中国、苏联和美国（包括菲律宾）
除了南京大屠杀的主要负责人松井石根外，其余27名被告都被判破坏和平罪，他们获得的刑罚是终身或者有期监禁。这也是延续了纽伦堡审判的范例。远东法庭的庭长韦伯在他的分述意见书里说明：“纽伦堡法庭考虑到德国发动战争的时候，侵略战争并没有被普遍看作可判决的罪行，而没有对这类罪犯处以极刑。远东法庭应该照样去做，不给那些破坏和平罪的被告判处死刑。”
南京大屠杀
东京进入了酷暑，开庭两个月之后，举证进行到了南京大屠杀。《朝日新闻》的评论是：“南京大屠杀在东京审判中的地位要比一般所认为的重要得多。这一事件，不仅在日本，在全世界都引起了强烈的关注。说到纳粹德国在大战中所犯罪行，在波兰曾经发生过屠犹事件。将南京大屠杀与之进行对照已经是公认的认识方法。”
其实检方的举证虽然大部分是关于破坏和平罪的，但至少有四个阶段涉及战争罪：第一阶段是包括南京大屠杀在内的发生在中国的暴行；第二阶段是在菲律宾的暴行；第三阶段是除了中国和菲律宾以外，在东南亚英国殖民地、荷属东印度群岛、法属印度支那等地的暴行；第四阶段是被告个人知道战争罪情形及授权战争罪发生。
在开庭前的起诉准备阶段，国际检察局就派人到犯罪地区做现场调查。南京大屠杀是日军在“二战”中最突出的暴行，国际检察局由首席检察官季南亲自带领六七个检察官到中国收集证据。他们在南京、上海、北京待了半个月，访问官方机关和慈善团体，收集不少关于南京大屠杀的统计数字，面谈了一些亲历目睹的中外人士，取得了许多书面证言，并预约十几个有说服力的证人到东京出庭。
金陵大学医院的美国医生罗伯特·威尔逊讲述了从12月13日开始的经历，他的证言让日军暴行在法庭上逐渐明朗。“几天之内，医院的病人急剧增加，很快全部住满了。一名男子的右肩被一颗子弹击中受伤。据他所说，很多中国人被日本兵强行带到长江沿岸，在岸边集体射杀，尸体直接抛入长江之中。他是装死，趁着黑暗逃了出来。他是唯一的幸存者。另外，还有一名中国警察，背上有一道很深的刺伤，被抬到医院。这位警察与很多人一起被强行带到城外，日本兵用机关枪扫射人群，之后，又用刺刀猛刺。他是唯一一名生还者。他的名字叫伍长德。”