夏昆是中南大学的教授，是国家973计划“儿童孤独症的遗传基础及其致病的机制研究”项目的首席科学家。这个研究项目启动于2012年，是目前中国关于孤独症研究最大的项目。他于2006～2007年开始对孤独症产生兴趣，那时全国研究孤独症的人寥寥无几。当时国际上的流行病学调查显示，孤独症的主要病因可能是遗传因素，最高可达90%（根据不同研究，遗传度为38%～90%），也就是说高达90%以上的病因与遗传因素有关。再加上它没有客观的诊断标准，没有有效的治疗方法，这让从事医学遗传学研究的夏昆立志于在这方面做一些工作。
从流行病学来说，了解遗传因素的一种方式是观察所谓的“共患率”，也就是说，如果家里一个孩子患有孤独症，其他孩子患有孤独症的可能性是多少？研究人员通过观察同卵双胞胎、异卵双胞胎和普通兄弟姐妹进行研究。同卵双胞胎拥有相同的遗传信息，身处相同的子宫环境中;异卵双胞胎拥有50%相同的遗传信息，也处于相同的子宫环境中;普通兄弟姐妹同样拥有50%相同的遗传信息，但是所处的子宫环境不同。根据美国西蒙斯基金会孤独症研究计划的研究结果，同卵双胞胎共患率是77%，这说明虽然基因对发病的影响非常大，但并非造成孤独症的唯一因素。异卵双胞胎的共患率只有31%，普通兄弟姐妹和异卵双胞胎也有差异，暗示着异卵双胞胎与普通兄弟姐妹所受的环境影响或许有所不同。
历史上关于孤独症的成因有很多种，20世纪50年代美国著名的“冰箱妈妈理论”认为孩子患孤独症是由于父母，尤其是母亲情感冷漠、教养方式不当造成的，这对家长尤其是母亲的打击巨大，一些家庭因此破裂。从20世纪60年代起，很多父母坚决不认同这个理论，一些学者也开展了广泛而深入的研究，直到20世纪70年代，“冰箱妈妈理论”被科学研究彻底否定。
“目前看来，遗传因素在孤独症的病因中起到非常重要的作用，环境因素对孤独症发病风险的影响还不是很明郎。”夏昆说。
很多人感到奇怪，那些并没有孤独症家族史的患儿，谈何说起遗传因素呢？“社会上普遍认为，我们一说遗传、遗传病，就觉得是群体中少见的病，是先天性的、父母传递下来的。其实我们所谓的遗传因素是说疾病发生过程中，只要遗传发生变异都可能导致发病，或者说导致发病的风险增高。从现在的研究来看，绝大部分的疾病都和遗传因素有关。在这中间既有我们看到的由父母传下来的或者隔代传下来的先天性疾病，也包括大量的常见疾病，比如高血压、冠心病、哮喘、精神病等等。从疾病的病因上来说，这些病都是遗传和环境因素作用的结果。我们所说的遗传因素，主要就是遗传物质，比如说DNA或者基因发生一些改变，导致患病或者患病的风险增高。”夏昆解释。
对某些人来说，罹患孤独症的原因并非来自父母的遗传，而是卵子或精子在受精时就产生了基因突变，这些突变会对神经系统的发育和功能产生巨大影响，有一部分在胎儿大脑发育的前几周就会产生影响，其他的则在孩子出生后发挥影响。有些基因影响突触的功能，有的则影响基因在细胞内的组合方式。研究者们普遍认同这样一个观点：发育过程中，在错误的时间、错误的地点发生的极其微小的基因差错，可以导致孤独症的标志性症状：社交困难和反复刻板的思想和行为。
“最近几个国际上比较大的研究，包括我们自己的研究结果来看，在孤独症发生的过程中间，新发的变异作用非常重要。”夏昆说。
基因一直在变异和进化，总是有新的突变产生。每个新出生的婴儿的DNA序列大约有60个新变异，每50个新生儿中就有一个发生较大基因变异。这是导致发育障碍的重要原因。
但是人体自身存在一定的修复机制，我们的DNA之所以能年复一年地保持完整，归功于一系列分子修复机制的存在，研究出这个机制的科学家被授予2015年的诺贝尔化学奖。“变异是肯定存在的，修复也是肯定存在的，但不是所有的变异都能被修复，有一部分不能被修复的变异就保存下来了。”夏昆说。
到目前为止，人们已经明确了超过100个孤独症易感基因。中科院上海神经科学研究所研究孤独症遗传机制的研究员仇子龙表示：“我们很难明确地指出，哪些基因是导致孤独症的主要因素。”
在过去的10年中，越来越多的证据表明，导致孤独症的遗传原因具有异质性。“孤独症的遗传因素相对来说是比较复杂的。那种典型的、家族性的遗传疾病可能发现相同的基因变异，但是孤独症不一样，它可能在这个病人身上发现了遗传因素的改变，但是很难在其他病人身上找到相同的或者相似的变化，即使是兄弟姐妹同时患有孤独症，导致他们患病的因素也可能是不同的。”仇子龙说。研究孤独症的遗传学家认为，孤独症孩子就像雪花，片片不同。
针对孤独症孩子父母的研究发现，一些患者的变异是由父母遗传给他们的，但父母并没有被诊断过孤独症。夏昆分析这中间存在几方面的原因：一是父母之前存在一些临床上的表现，但没有达到诊断标准，或者没有被发现;二是当父母双方的变异都累积到孩子身上时，孩子就增大了发病风险，导致发病。当然这里面还可能有环境因素和新发变异的作用。