这些都是他自强计划的一部分。他认为，山西是华北的堡垒，要对抗日本的侵略，必须强大山西。而要自强，则必须反求诸己：
对日问题只有责己。今日国民缺感情、少理性，在乡都是可怜的百姓，到营都是可杀的兵，在家都是可爱的孩子，到校都是坏学生。学生时代皆自命不凡，恨教习、恨校长、恨官吏，一到教习、校长、官吏时，便为人所恨。或谓环境不好，不知环境仍是这帮人造的。不平等条约不是被人强订了去的，是比试了一下失败了以后相订的。今日想要平等，还得比试一下，能胜了才行，不是能争不能争的问题，是能胜不能胜的问题。所以要平等，须科学强、机械强、工业强、兵强，不是嘴强即能胜任的。——《徐永昌日记》1931年10月10日
无论是对革命还是对其他的社会运动，徐永昌都素无好评。他认为，“学校风潮也好，民气也好，爱国运动也好，或说是革命也好，都是火之烟，而非火之火……学潮运动，均为冒烟，说到好处，只可收烟的作用，语其坏处，直是叫学生做‘烟种’，其害何可胜言。此为我当时偶然发生的感想，不意多少年来，许多人竟是以冒烟作进身之计。”
他希望国人务实，抓紧时间强大自己，在山西的施政也体现了这个思想。然而他与阎锡山之间存在的问题，却随着合作的年月日久，慢慢呈现出来。
徐永昌厉行禁毒，这个主张得到蒋介石的嘉许。但阎锡山复出后，却只愿意在山西禁种大烟，不禁止销售、吸食，反而由政府销售戒烟药丸。徐永昌对此表示反对，但阎锡山辩解说，这样能为山西每月增加三四十万元的收入。由于徐永昌一向对外界主张严禁烟毒，有人于是质问他为何山西不禁卖烟土，他无言以对。阎、徐裂痕开始产生。
在政事的风格上，徐永昌和阎锡山的风格迥异。徐是抓大放小，鼓励下属发挥才能，阎则是事必躬亲，总用怀疑的眼光看人。据30年代曾任山西省政府秘书长的王尊光回忆说：“1935年冬，阎从南京开会回晋，在一个总理纪念周上，痛哭流涕地大骂公务员不做甚务甚，并说很想关闭城门，把这一城人全烧死。散会后，徐问我：‘总司令今天如此发脾气，是不是嫌我不尽责，要杀我？’我说：‘他骂人是常事，今天不知有什么感慨，发了大脾气，何能牵扯到你身上？’徐默然不语。”
徐永昌甚至公开顶撞阎锡山。王尊光说：“1936年春，陕北红军（将）东渡抗日，阎要截堵，召开高级军官会议，徐亦参加。阎大讲红军厉害。徐对阎这类话，早就听得不耐烦了，当即发言顶碰说：‘照此说，这个仗不能打了，我们只好投降共军了。’阎一向无人敢驳其言，经徐顶碰，大为不悦，军事会议不欢而散。”
这次顶撞之后，徐永昌胃病复发，阎锡山也气得一夜未眠。两人的合作似乎越来越艰难了。种种分歧，让他感到自己与阎锡山不是一路人。这时候，一直都很欣赏徐永昌的蒋介石，在南方不断地向他招手。或许是考虑到蒋信任徐永昌，徐能为山西争取中央的物资支持，阎锡山对徐屡屡挽留。但徐永昌去意已决，于1936年卸去山西省主席职务，次年进入中央，任军事委员会办公厅主任，此后一直是蒋介石身边的高级幕僚。
“九一八事变”至“卢沟桥事变”期间，中央和北方各军系之间大体上保持了稳定，中国得以短暂喘息，为抗战储备了力量。这个短暂的稳定里，有徐永昌很大的功劳，尤其是他出任山西省主席，使得蒋介石和阎锡山之间有一个缓冲带，尽最大程度消解了蒋、阎的猜疑，避免两人再起内战。
在北方军系中，冯玉祥也欣赏徐永昌，20年代时曾经对徐有意拉拢。但冯玉祥亲近苏俄，并向徐永昌强调苏俄是有诚意帮中国。这引起徐永昌的反感，两人便没有实质性的合作。在徐永昌心中，“俄国是个好侵略的国家，尤其是近代中俄交涉史中;再看看地图，中俄两国边界情形，便十分明白，而俄国却强调他们是扶助弱小民族。须知他们的扶助，是第一步扶助某国一部分人民脱离他本国而自立，第二步即将此取得自立者并入俄国，他们美其名曰联邦，事实上是劫持此脱离本国者做俄国的附庸。俄国批评别国是帝国主义，而他实在是‘帝世界主义’。”
抗日卫国
蒋介石重用徐永昌，不仅因为徐的品格端正，更是看中徐的山西背景以及他在华北军系中的影响力。抗战爆发后，徐永昌思虑周密、谨慎行事的特质，也得到了很好的发挥。他被蒋介石委任为军令部部长，这个职务的内容有整顿军队、情报分析、部署作战以及协调中央与地方军系的关系等。他与军政部长何应钦、军训部长白崇禧、政治部长陈诚一起，被称为军委会四大巨头，四人经常在一起讨论作战计划。
针对列强的侵略、中国无能战之军的现实，徐永昌长期主张采取忍辱图强。他反感那些高喊着“取消不平等条约”的人，“不平等条约是因为我们打了败仗才订的，要是无打胜仗的能力或条件，仅喊口号是无益而有损的，然而民国十六年（1927年）汉口英租界真的被我们喊口号收了回来，不知这正是中了英国的阴柔手段，未过二年，我们又以收回汉口英租界的故技实行强收中东路，这回对手不是老滑的英国，而是口号鼻祖苏俄，结果被他狠狠地打了一顿，还要我们赔情交还原路，从此日本也看透了我们的口号内容，遂一举将我们的辽宁省攫去，这就是我们喊口号的收获。”
不与强敌硬碰硬，坚持持久战，这种思路持续到了抗日战争中。抗战伊始，徐永昌就向蒋介石进言，至少要拼出八年的时间来战斗，而中国人教育差，须以十年为期。历史证明了他的预估相当精准。抗日战争爆发四年后，他撰写了《四年来敌我战略战术的总检讨》，这篇文章被学者吴相湘视为世人了解中国抗日获胜原因所必读的权威之作。徐永昌在该文中分析了一意速战速决的日军为何没能消灭中国军队，正是因为中国采取了持久战的策略，“假如我们当初以准备不充分的军备也和敌人举行攻势的决战，我们一点不要作危辞耸听的话，即使在南京附近没有被歼灭，最低限度在徐州会战是有被歼灭的可能。”这些话，可谓是“一鞭一条痕”。