虽然直至今日，还没有确凿的证据证实独角兽作为一种独特的物种出现过，但17世纪，自然哲学家发现了一具疑似独角兽的遗骸。
年，在德国的哈尔次山脚下的奎德林堡附近发现了一具独角兽化石。据说，这具化石头上长有一只大约有人的五个手臂那么长的角，有人腿那么粗，顶端呈锥形状。威廉·莱布尼兹很遗憾的表示，那具化石在移动过程中被损坏了，只剩下头骨、角、肋骨和脊椎骨的残片。当生物学家们将其还原后，尾骨直接垂到地上，没有后腿，脊椎从头部延伸到尾部，头上有一只长长的角。一些学者认为这就是独角兽真实存在的证据，但一些生物学家论证说：所谓的独角兽的化石中有些是属于大象或是猛犸的牙，历史学家想当然的在化石还原过程中将象牙误当成独角兽的角了。对于我们来说，真的很难相信那些生物学家会误把象牙当成是独角兽的角，因为他们对象或者猛犸都很熟悉，并且都是很有经验的化石收藏家。所以现在我们还不能对这种生物作出定论，我们只有等待更多科学证据的出现。
独角兽已经灭绝？
有科学家称，独角兽就是已经灭绝的爱尔兰大角鹿，它的大角是其灭绝的主要原因。大角鹿身高超过两米，鹿角硕大无比，长度在3～7米左右，鹿茸重达40公斤。巨大的角使得它们进食很困难，它们可能在低头后因鹿角沉重而难于抬头或是巨大的鹿角容易被树枝缠住。而且要长成如此巨大的鹿角必定需要大量的食物，大角鹿灭绝时期的气候变化意味着没有足够的食物来维持鹿角生长所需的营养。因此，独角兽后来慢慢地就灭亡了。
也有很多生物学家认为，从解削学上来看，独角兽只不过是头顶多了只角的类似于羚羊或是马的生物而已，它与阿拉伯羚羊和其他种类的羚羊之间的区别也仅仅只是头上多出的那只角。所以，那些关于传说中的独角兽其实都是现实中的某种动物而已。
最近，关于独角兽谜底的阐述又有了新说法。2008年，在意大利一家动物同中一头十个月大的鹿头上长出了一只角。这头幼鹿的母亲是一头来自亚平宁山的普通鹿种，在母亲被车撞死后，动物园抚养了这只小鹿。自然科学研究中心确信这只独角仅仅只是基因突变的结果。然而这仅有的一例基因突变的事例是否能够解释那些关于独角兽的神话，至今还是个充满争议的话题。又或许是近亲繁殖引起了基因突变，使得少量独角兽出现？近亲繁殖引起的物种变异在今天我们也能亲眼目睹，所以也不排除有人蓄意保留一些由于先天性基因变异而形成的“独角兽”的可能性。