耀宗只是摇头叹息，默默不发一言。巧姑终于鼓起勇气，写了一首诗，卷成一个小卷儿，悄悄地递过去。耀宗打开一看，原来是一首七言绝句：??? “昨夜桃枝莺留宿，今晨绕梁燕报春。含羞欲把芳心许，何故檀郎似路人？”耀宗大喜过望，立即挥毫和了一首：“桃枝无言莺难宿，杏花吐蕊燕迎春。
此后，只要孙荇洲一离开书房，二人便偎在一起，款款而语；荇洲在场时，也是你顾我盼，暗递花笺。孙荇洲终于看出了苗头，这天晚上，在寓所将耀宗痛责一番，又骂他不知自爱，异想天开。第二天，巧姑入书房读书，发现耀宗面有泪痕，不由得奇怪地询问，耀宗摇头不答，巧姑焦虑异常，正想再问，耀宗已乘荇洲扭头他顾时，悄悄地说：“就是为了你啊！”以后直到放学，耀宗一直埋头读书，再也没有和巧姑说一句话。这天晚上，巧姑茶不思，饭不吃，早早地入闺房蒙头而卧。邓总兵与郑氏过来询问，她只说是不太舒服。
哪知第二天便真的生病了。邓总兵以为是偶感风寒，连忙请医生来诊视。一连服了几副药，巧姑的病情却越来越重，竟致卧床不起。邓总兵急坏了，再四寻访名医。可是一连换了五六个医生，巧姑的病情还是毫无起色。最后一个医生对他说：“令爱患的是心病，药石怎么能够治疗呢？”邓总兵大吃一惊，把这话告诉了郑氏，二人推测了很久，也未找到答案。郑氏便单独询问女儿，巧姑起初面有羞惭之色，默不作声。
郑氏一再追问，巧姑才含羞说出原委。郑氏出去与丈夫商量，邓总兵二话不说，当即将孙耀宗召进女儿房中，让他坐在床头。过了片刻，邓总兵亲手解下耀宗胸前的佩囊，放在巧姑手上。巧姑不知父亲的用意，又因为父亲的姬妾们都在房中，哪好意思接受。邓总兵将佩囊塞在她枕下，凑在她耳边说：“痴妮子，你既喜爱
荇洲没有再责备他，只是半信半疑地说：“一个总兵府的千
孙荇洲自然一口应允。临行之际，巧姑亲自送至江畔，赋诗一首赠耀宗曰：“相如悠悠千里去，
伉俪难谐伉俪志 鸳鸯共赴鸳鸯冢
那天半夜，玉碧刺杀了邓承彦后，又安详地走进女儿房中，将事情经过原原本本地告诉了她。巧姑顿时惊呆了，心中犹如打翻了五味瓶，酸甜苦辣咸搅在一处，不知是悲，是怒，是恨，是痛，好一阵才说：“母亲，我们何不赶快逃出城去？”玉碧凄然笑道：“傻孩子，总兵遇刺，非同一般，明天各路口要津，必然严密盘查，我们两个弱女子，能逃到哪里去？为娘的一人做事一人当，绝不连累旁人。”
巧姑沉吟良久，忽然跪在玉碧面前哭道：“既然事已如此，母亲何不自裁，免受公堂之辱？”玉碧搂着巧姑，柔声说：“为娘的既决心报仇，已存必死之志。然而我现在还不能死。为娘的必须在公堂之上痛述原委，要让世人知道：邓承彦是个衣冠禽兽，我吴玉碧决非忘恩负义之辈，而是为前夫全家复仇。”第二天，通州知州初审此案时，有几个嫉妒郑氏的姬妾诬陷巧姑是同谋，于是知州便将母女二人一同押往金陵。巧姑不愿在公堂受辱，押送的差役稍一疏忽，她便纵身投入了滚滚长江之中。
再说孙家父子兴冲冲地赶到通州，竟撞上了这场大变故，当夜便又乘船赶往金陵。耀宗在狱中见到了吴玉碧，才知道巧姑已投江自尽了，悲痛得几乎不能自持。孙荇洲只得带着他返回江西。耀宗犹日夜思念巧姑，希望她能侥幸脱难，也许还有重逢之日。又过了一年，孙荇洲不幸病故。荇洲这几年因邓总兵赠馈甚厚，也积累了一些家产。他的那些族人们都红了眼，便群起攻击耀宗，说他是李家的人，无权继承孙家的财产。耀宗懒得与他们多争较，便抛下财产，只身回到生身父母处，重又恢复了李姓。二十岁那年，耀宗考中了举人。
主考官史玄盛爱其才华，打算把女儿嫁给他。耀宗怀念巧姑，无意婚娶，但因顾及史考官的面子，不便直言回绝，就推说要回去和父母商议一下。哪知父母一定要他应下这门亲事，并与史家订下了婚约。耀宗拗不过父母之命，只得勉强应允。
到了大喜之日，李家张灯结彩，贺客盈门，而耀宗因思念巧姑，经常独自向隅拭泪，只是在人前强颜欢笑，竭力掩饰而已。晚上，鼓乐齐鸣，鞭炮阵阵，新娘子的彩轿到了。众人簇拥着耀宗出门相迎，掀开轿帘一看，一个个都倒抽一口凉气，只见轿顶上悬下一根绳圈，新娘子已红巾系颈，自缢身亡！众人无不惊慌失措，耀宗也惶惧疑惑，急忙凑近仔细一看，忽然止住众人道：“大家不要惊慌，新娘子尚能救活。我当年在狼山时，曾向总兵署中人学得了一个急救之法，大家快把她抬到床上，待我来如法救治。”大家依言而为，耀宗又把众人赶出房间，说：“这个抢救法必须有个十分安静的环境，如果有人喧哗或偷看了，法术就不灵了。”
大家都在外面屏息等待。哪知过了两个多时辰，既不见耀宗出来，也听不见任何动静。有人起了疑心，上前敲门，门被插了闩，里面毫无回声。众人拨开门一看，都叫苦不迭，只见原来的那根红绳又悬在屋梁上，新郎与新娘双双投缳自尽，臂与臂相抱持，衣与衣相纠结，足与足相勾连，死者未能生还，生者却已死去了。众人睹此情状，无不失声痛哭。问及女方的父亲史玄盛，才知道这个女儿并非亲生，而是前年从江中救起，因见她聪明伶俐，才貌出众，便收为义女。
史玄盛公务繁忙，一时疏忽，订亲的事竟未告诉她，直到出阁这天晚上，女儿才知道要到李家做新娘了，便哭着说：“女儿早已许配给孙家了，誓死不愿进别人家的门！”史玄盛只以为她是耍小孩子脾气，硬劝着她上了轿。哪知她竟真的殉了情。
后来的事情当然很清楚了：史女就是耀宗魂牵梦萦的郑巧姑，她因怕受官司牵连，未敢将真实姓名及家世告诉史玄盛。耀宗发现她为自己殉了情，也痛不欲生，遂追随其同赴黄泉，共结鸳鸯于地下。人们又在耀宗的袖中发现了一块白绢，上题绝命诗一首：“良辰佳期悲重逢，镜花水月终成空。
生前难谐伉俪志，死后愿结鸳鸯冢。” 耀宗的父母伤悼异常，便请人制了口大棺材，将两人合葬于祖茔内。人们痛惜这对年轻情侣的不幸遭遇，编成《生死鸳鸯曲》剧本，广为传唱。