作为投资于一揽子债券的组合投资工具，债券基金与单一债券存在重要的区别。 (一)债券基金的收益不如债券的利息固定
投资者购买固定利率性质的债券，在购买后会定期得到固定的利息收人，并可在债券到期时收回本金。债券基金作为不同债券的组合，尽管也会定期将收益分配给投资者，但债券基金分配的收益有升有降，不如债券的利息固定。
(二)债券基金没有确定的到期日
与一般债券会有一个确定的到期日不同，债券基金由一组具有不同到期日的债券组成，因此并没有一个确定的到期日。不过为分析债券基金的特性，我们仍可以对债券基金所持有的所有债券计算出一个平均到期日。
(三)债券基金的收益率比买入并持有到期的单个债券的收益率更难以预测
单一债券的收益率可以根据购买价格、现金流以及到期收回的本金计算债券的投资收益率，但债券基金由一组不同的债券组成，收益率较难计算与预测。
(四)投资风险不同
单一债券随着到期日的临近，所承担的利率风险会下降。债券基金没有固定到期日，所承担的利率风险将取决于所持有的债券的平均到期日。债券基金的平均到期日常常会相对同定，债券基金所承受的利率风险通常也会保持在一定的水平。单一债券的信用风险比较集中，而债券基金通过分散投资则可以有效避免单一债券可能面临的较高信用风险。