在日常事务的管理中，“伊斯兰国”也展现出了一般恐怖组织所不具备的管理能力。“伊斯兰国”通常将社会治理系统分为管理系统和服务系统，前者主要负责安全、宗教政策的宣传和执行、法院和惩罚、教育计划、公共关系和部落事务；后者则主要负责卫生、人道主义援助、食物供给、道路清洁、水管和电力等基础设施维护。
内部治理结构上，“伊斯兰国”共分为四层权力组织，位于顶端的是哈里发巴格达迪，其下就是巴格达迪在伊拉克和叙利亚的两个地区代理人，他们三人组成了“伊斯兰国”的决策层，制定战略目标，决定何时何地发起行动。第三层权力结构由舒拉议会和沙里亚委员会组成。前者的主要任务是将决策层命令传达至具体指挥官，以确保任务完成；后者则由巴格达迪亲自监管，负责宗教事务。最底层是“伊斯兰国”的六个职能部门，分别为安全情报、军事、地方、宗教事务、宣传与财务，负责具体工作的执行。
“伊斯兰国”的社会治理遵循循序渐进的方式，首先建立宣传中心和初级法院，在军事上巩固之后，一般会制定严格的宗教政策和惩罚制度，配备专人及投入一定的资金。当“伊斯兰国”在军事上完全控制领土时，通常会扩大服务范围，提供城市公共服务。总之，“伊斯兰国”自视为一个无所不包的管理者。
动员与筹资
早在2012年，“伊斯兰国”就在推特上开设了自己的账户——“喜讯的黎明”（The Dawn of Glad Tidings），用阿拉伯语在上面宣传和发布信息。“伊斯兰国”还专门任命了一位负责媒体宣传的专职人员，由他控制着一支由作家、博客主和社交媒体监督者组成的信息工作小队。他们一方面雇用市场营销、公关和视频制作领域的专家，另一方面也教人们如何避开政府网络审查。在利用新技术方面，“伊斯兰国”丝毫不落后。他们不仅能轻而易举地获取推特用户的电子邮箱并向他们发送宣传材料，而且还时不时抛出一些温情画面，以消除潜在支持者的抗拒感。
“伊斯兰国”的运行也与“基地”组织有很大不同。“基地”组织一直以来奉行严格保密的封闭式运行，其筹款和招募等活动都是“黑箱操作”，外界不得而知。而“伊斯兰国”则采用了类似于跨国公司那样的运行方式，甚至像上市公司一样，发布年度财政报告，详细记录每次袭击活动的内容及其参与者信息，方便领导人了解每位参与者的家庭状况，以便在他们死亡或者被捕时支付赔偿金，同时也是为了向捐款者展示“业绩”。根据“伊斯兰国”的“年报”，2013年“伊斯兰国”在伊拉克发动过近万次行动，其中包括1000次暗杀、安装4000枚土制炸弹、释放了数百名激进囚犯。
“伊斯兰国”的国内战斗人员是骨干，主要来自原“基地”组织伊拉克分支和车臣伊斯兰武装。不过，“伊斯兰国”的国外战斗人员数量要远远高于其国内战斗人员，至2014年底，共有80多个国家的外国武装人员为其效力，他们大多都是青年人。美国中情局2014年9月的统计数据显示，“伊斯兰国”在伊拉克和叙利亚能召集的人员在2万至3.1万人之间，此外，超过1.5万外国战斗人员抵达叙利亚。另一份来自英国伦敦大学国王学院的追踪研究显示，截至2014年底，加入“伊斯兰国”的外国战斗人员总数为2.073万人，这一数字是自1945年以来极端组织在伊斯兰国家动员的最大规模人数。其中，欧洲大约有4000人，他们通过东南欧国家进入土耳其，然后从土、叙边界进入叙利亚。
“伊斯兰国”招募成员的另一种方式就是劫狱。2013年7月21日，“伊斯兰国”同时袭击了巴格达以西和以北的两所监狱，释放了500多名囚犯；2014年6月11日，“伊斯兰国”攻占提克里特市后，又释放了数百名囚犯。这些囚犯或自愿或被胁迫，基本都加入了“伊斯兰国”序列，成为更具破坏性的血腥成员。
与组织动员能力相匹配的，是“伊斯兰国”灵活多样的筹资能力。“伊斯兰国”早期的资金主要来自海湾国家的资助，马利基曾公开谴责沙特和卡塔尔的富翁，通过捐赠的方式来洗钱。但是，随着“伊斯兰国”在叙利亚和伊拉克北部的攻城略地，它开始拥有了更牢固的财政基础。现在，“伊斯兰国”已经控制了伊拉克最重要的炼油厂，并控制叙利亚富油区代尔祖尔省70%的面积，对于无法控制的炼油厂，他们与当地部落达成协议控制石油出口。在拜伊吉炼油厂的血腥争夺战中，他们安排停火让工人能安全撤离，以便战斗结束后工人还能工作。据估计，叙利亚和伊拉克被占领区的石油产出为每天3万～8万桶，按照每桶20～50美元的价格出售，“伊斯兰国”每天就可以获得200万～400万美元的收入。
此外，勒索、抢劫，以及强征税收是他们另一个资金来源渠道。在其控制地区，“伊斯兰国”向每个成年男子征收720美元的人头税，仅在摩苏尔，该组织每月就征收800万美元的“革命税”，逃亡的什叶派遗留下来的企业和资产也会被他们征收和变卖。联合国报告显示，仅仅2014年，“伊斯兰国”通过绑架等方式就获取了4500万美元赎金。最重大的一次活动是抢劫摩苏尔的国有银行，捞到了4亿美元和大量黄金，使得“伊斯兰国”的总资产达到20亿美元，一跃成为全球最富裕的恐怖组织。