命运
1943年8月末，德国宣布在丹麦实施“战时法”。9月29日，身体里流淌着一半犹太人血液的玻尔携家人于夜深人静之时，乘一叶小舟偷渡到瑞典。在斯德哥尔摩，德国有关部门正密谋对他实施谋杀。他被英国营救队员送上一架英国政府运送外交邮袋的“蚊”式轰炸机，勉强坐进只能容纳一个人的卸掉炸弹的弹舱内。玻尔在飞机上因缺氧睡了一觉，顺利抵达英国。在伦敦，他的好友詹姆斯·查德威克在机场跑道上欢迎他，带他去伦敦，向他提供了英美原子弹计划的信息。当他知道美国人把大量工业人才运用到铀-235的分离上时，他还觉得这完全是个幻想。在伦敦的8个星期里，玻尔与他的儿子全面研判了英国原子弹计划——“试管合金”项目。玻尔同意成为英国的顾问。12月，他从英国飞往美国，访问了洛斯阿拉莫斯。他告诉奥本海默，海森堡正研究核反应堆。
玻尔发现，美国在制造原子弹方面其实已并不需要他的什么帮助。那时，他的注意力的焦点已经转移到了武器的政治后果方面。虽然他对洛斯阿拉莫斯进行了若干次长时间的访问，但他主要扮演的是倾听青年人忏悔词的科学神父角色。他徒步旅行，滑雪。在丹麦，玻尔会随意走到宫殿门口敲国王的门；在华盛顿，他做了同样的事情，比如拜访英国大使哈利法克斯和最高法院法官、罗斯福的密友费利克斯·法兰克福特。他最担心的是，原子弹的研发会激发西方和苏联致命的核武器竞赛。带着希望与疑虑注视着“曼哈顿计划”进展的玻尔，写了一份建议草案，与奥本海默分享。“我们处在科学与技术的高峰已无可争议，同时它将会决定性地影响人类的未来。”在最近一个阶段，“一种不平衡权力的武器将被创造出来，并将完全改变未来战争的条件”。坏消息是显而易见的：“除非在可行的时间内能切实达成控制使用这种新型武器的协议，否则任何一方的优势，即使是暂时的优势，都会成为对人类安全造成深远影响的沉重负担。”在玻尔看来，原子弹的制造已成为现实。在将要到来的原子时代，人类除非放弃发展这个秘密计划，否则人类将不再安全。他提出，只有在大战结束后通过迅速邀请苏联参与到战后核能计划中，宏大的、具有国际控制功能的新管理体制才能建立起来，战时的盟国要提早对战后国际控制核能签署协定。在洛斯阿拉莫斯，玻尔是唯一能和奥本海默讨论这些政治和伦理道德的人。1944年春天，玻尔在看到一份显示德国没有切实可行的原子弹计划的情报后，离开了洛斯阿拉莫斯。他非常确定，轴心国没有取得实质性的进步。
1944年初春，玻尔收到一封积压已久的信，来自他以前的学生、苏联物理学家皮特·卡皮察。卡皮察从莫斯科写信，盛情邀请玻尔去那里定居：“这里已经为您和您的家人准备好了包括进行科学研究的一切。”玻尔认为这是一个建立“开放世界”的极好机会，他希望罗斯福和丘吉尔同意他接受卡皮察的邀请。但玻尔的态度并不被将军和政客们认可。当丘吉尔从英国情报系统得到卡皮察和玻尔的通信时，非常愤怒。他说：“我看玻尔应该被拘禁起来，无论如何应让他知道，他距离道德犯罪已经很近了。”玻尔和罗斯福及丘吉尔分别在1944年春天和夏天进行了单独会谈，但他没能让各方领导人认为英美对原子弹制造的垄断是目光短浅的。玻尔对政治领导人的影响在逐渐减弱。只有在洛斯阿拉莫斯，他在物理学家心中的地位上升到了神的高度。
奥本海默也得知，德国已经放弃了他们的早期核计划。但“曼哈顿计划”已不管德国的进程，一心要制造出原子弹了。当初第一个力促罗斯福总统开启原子武器计划的匈牙利裔科学家莱奥·齐拉特竭力努力阻止原子弹的使用，他做了多次尝试，但都失败了。美国的政军人员开始计划，如何使用这个炸弹。对奥本海默来说，他早已处于完全被监听的状态下，他的助理、司机兼保镖实际上都是反间谍机构的特工。他与共产党人的关系，使得他在接下来的岁月中一直被各种监视和调查困扰，即使在战后也是如此。国会的委员会和联邦调查局不断提及奥本海默在伯克利时的左翼活动，不断怀疑他是共产党的一员。